Ít nhất 42 tên khủng bố và 120 con tin (các con số chính thức – 33 và 128, con số của Moscow News: 129 con tin[1]) đã chết trong khi cuộc tấn công diễn ra hay trong những ngày sau đó. Bác sĩ Andrei Seltsovsky, chủ tịch uỷ ban y tế Mátxcơva, đã thông báo rằng chỉ một con tin bị thiệt mạng khi diễn ra cuộc tấn công giải cứu vì tác dụng của loại khí bí mật, chứ không phải vì trúng đạn.[2]

Tổng thống Nga Vladimir Putin đã lên tiếng bảo vệ cuộc tấn công trong một bài phát biểu trên truyền hình buổi sáng hôm đó, cho rằng chính phủ đã "hoàn thành một nhiệm vụ gần như bất khả, cứu thoát hàng trăm, hàng trăm người," lên tiếng xin lỗi vì những điều chưa làm được để có thể cứu thoát thêm nhiều con tin khác, và tuyên bố thứ Hai tới sẽ là ngày Quốc tang cho những người thiệt mạng.[2]

Các lực lượng an ninh còn có thêm lý do biện minh cho hành động sử dụng khí gây mê bởi những kẻ khủng bố được trang bị chất nổ, đứng phân tán trong khắp toà nhà rộng, và có khả năng số chất nổ bên trong và bên ngoài toà nhà sẽ được kích hoạt hay các con tin sẽ bị giết hại khi chúng nhận ra mình đang bị tấn công. Trong cuộc tấn công, nhiều tên khủng bố Chechnya bị bắn thẳng vào đầu khi đã mất năng lực do khí gây mê. Một lính đặc nhiệm thuộc lực lượng Alpha Group Nga đã nói với báo chí, "Tôi biết rằng đó là một hành động tàn nhẫn, nhưng khi có hai kilôgam chất nổ dẻo quấn quanh người, chúng ta sẽ thấy không thể làm thế nào khác để bắt giữ chúng một cách an toàn."

Những kẻ khủng bố được đưa tới các bệnh viện cùng với những nạn nhân, và các bác sĩ nhận lệnh không được thả bất kỳ người nào phòng trường hợp những kẻ khủng bố trà trộn lẫn với các con tin. Các thành viên gia đình nạn nhân hoang mang khi chính phủ từ chối cung cấp bất kỳ thông tin nào về nơi những người thân của họ được đưa đến hoặc họ còn sống hay đã chết.

Vụ tấn công đã bị các nước trên thế giới lên án là một hành động khủng bố, dù bên trong Chechnya đây được coi là một phần trong sự tiếp diễn của chiến dịch quân sự và chính trị vì độc lập khỏi Liên bang Nga.